左永春教授課題組在利用人工智能篩選早期胚胎發(fā)育關(guān)鍵標(biāo)記研究中取得新進(jìn)展
人類早期胚胎發(fā)育雖然只有大約7天的時間,但是卻經(jīng)歷了關(guān)鍵的分子事件,其中包括合子基因組激活(ZGA)和早期胚胎細(xì)胞的命運決定。伴隨測序技術(shù)的進(jìn)步,單細(xì)胞測序技術(shù)可以有效地揭示早期胚胎發(fā)育的細(xì)胞命運決定的轉(zhuǎn)錄圖譜,但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)也存在許多問題,例如dropout事件(表達(dá)的基因未被檢測到),這使得差異分析方法在處理單細(xì)胞受到了限制。本研究中通過使用F-score算法和差異分析方法(limma,edgeR和DESeq)在人類早期胚胎單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組中得到兩個關(guān)鍵的基因集。通過比較先前研究中關(guān)鍵的基因來分析兩種方法的不同,POU5F1(OCT4)在細(xì)胞多能性的獲得和維持中起到了重要的作用,但是在差異分析方法中卻被排除,而F-score算法卻可以獲得。我們通過研究基因的表達(dá)趨勢發(fā)現(xiàn),差異分析方法對于在多個時期高表達(dá)的基因會被排除,這對于胚胎發(fā)育中的細(xì)胞的異質(zhì)性是十分不利的。
內(nèi)蒙古大學(xué)
2021-02-01