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本發(fā)明公開了一種焦磷酸測(cè)序檢測(cè)clade2.1.3分支H5N1亞型禽流感病毒的方法。本發(fā)明提供了一種檢測(cè)clade 2.1.3分支H5N1禽流感病毒的成套引物，包括如下引物對(duì)：所述引物對(duì)由序列表中序列1所示的單鏈DNA分子和序列表中序列2所示的單鏈DNA分子組成。上述成套引物還包括核苷酸序列為序列表中序列3的測(cè)序引物。本方法的特異性強(qiáng)、靈敏度高，與病毒分離和血凝抑制實(shí)驗(yàn)等常規(guī)實(shí)驗(yàn)方法的鑒定結(jié)果相比，符合率達(dá)100％，可以及時(shí)對(duì)禽染病情況及區(qū)域、環(huán)境的病毒污染情況作出及時(shí)快捷的檢測(cè)和確診，這對(duì)于及時(shí)監(jiān)測(cè)clade2.1.3分支H5N1禽流感病毒入境傳播具有重要意義。

雞新城疫、禽流感、Ⅰ群禽腺病毒是影響?zhàn)B禽業(yè)發(fā)展的三種傳 染性疫病，這三種傳染性疫病在我國(guó)很多地區(qū)的養(yǎng)雞場(chǎng)同時(shí)存在，給養(yǎng)禽業(yè)造 成了極大的經(jīng)濟(jì)損失。青島農(nóng)業(yè)大學(xué)研發(fā)團(tuán)隊(duì)一直致力于疫病的流行動(dòng)態(tài)規(guī)律 及病毒變異情況跟蹤調(diào)查。通過(guò)長(zhǎng)期流行病學(xué)調(diào)查、病毒分離鑒定及對(duì)各地流青島農(nóng)業(yè)大學(xué)科技成果介紹 2017 －34－ 行毒株的保護(hù)效果等分析研究，最終篩選出與流行毒株同源性高、免疫原性好 且有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的病毒毒株作為制苗用毒株。根據(jù)疫病流行情況開展了雞新 城疫、禽流感（H9 亞型）、禽腺病毒（Ⅰ群，4 型）三聯(lián)滅活疫苗的研究工作， 在完成了毒種、生產(chǎn)工藝、安全、效力、免疫期、保存期、中間試制等研究基 礎(chǔ)上獲得了詳實(shí)的試驗(yàn)數(shù)據(jù)。該產(chǎn)品具有廣闊的市場(chǎng)應(yīng)用前景。 

本發(fā)明公開了一種新的豬繁殖與呼吸綜合征病毒變異株GP5蛋白及其制備方法及應(yīng)用，所述新的豬繁殖與呼吸綜合征病毒變異株GP5蛋白為可溶性表達(dá)PRRSV GP5完整蛋白或者可溶性表達(dá)融合TAT的PRRSV GP5蛋白，選用pCold TF DNA高效可溶性表達(dá)了PRRSV變異株GP5蛋白及TAT?GP5融合蛋白，保證了重組蛋白的生物學(xué)功能，解決了現(xiàn)有的技術(shù)難以表達(dá)

逆轉(zhuǎn)錄病毒需要整合到宿主基因組中來(lái)完成自身的復(fù)制。當(dāng)逆轉(zhuǎn)錄病毒感染宿主生殖細(xì)胞時(shí)，整合的逆轉(zhuǎn)錄病毒便會(huì)從親代傳到子代，從而形成內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒。內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒廣泛存在于脊椎動(dòng)物基因中。絕大多數(shù)的內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒會(huì)積累各種突變，從而在宿主基因組中失活或片段化。宿主有時(shí)會(huì)利用內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒基因來(lái)行使自身生物學(xué)功能（圖1），這個(gè)過(guò)程在進(jìn)化生物學(xué)中被稱為選配（co-option）。例如，抑制多種逆轉(zhuǎn)錄病毒復(fù)制的限制性因子Fv1以及參與到胚胎發(fā)育的Syncytins都是選配的逆轉(zhuǎn)錄病毒基因。但目前對(duì)脊椎動(dòng)物中逆轉(zhuǎn)錄病毒基因選配事件尚無(wú)系統(tǒng)的研究。 韓管助課教授題組在756種脊椎動(dòng)物基因組中系統(tǒng)地挖掘了逆轉(zhuǎn)錄病毒基因選配事件，共發(fā)現(xiàn)177個(gè)逆轉(zhuǎn)錄病毒選配事件。其中，93個(gè)選配事件涉及到逆轉(zhuǎn)錄病毒gag基因，gag基因選配事件主要發(fā)生在哺乳動(dòng)物和鳥類中。84個(gè)選配事件涉及到逆轉(zhuǎn)錄病毒env基因，env基因選配事件主要發(fā)生在哺乳動(dòng)物、鳥類和魚類中。通過(guò)對(duì)選配事件發(fā)生的時(shí)間進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)選配事件的數(shù)目隨著時(shí)間的推移而增多，僅有少數(shù)的選配的逆轉(zhuǎn)錄病毒基因在長(zhǎng)時(shí)間尺度上被維持，這些結(jié)果表明逆轉(zhuǎn)錄病毒基因選配可以在脊椎動(dòng)物中頻繁的發(fā)生和丟失。 一般認(rèn)為，參與到病毒與宿主間進(jìn)化軍備競(jìng)賽的宿主基因會(huì)受到正選擇。該研究通過(guò)選擇壓力分析在很多選配的逆轉(zhuǎn)錄病毒基因中發(fā)現(xiàn)了正選擇的證據(jù)，表明這些基因可能參與到病毒與宿主間進(jìn)化軍備競(jìng)賽中。還有部分選配的逆轉(zhuǎn)錄病毒基因的進(jìn)化主要受到負(fù)選擇，表明這些基因可能主要參與到非抗病毒的宿主功能之中。選配的逆轉(zhuǎn)錄病毒基因受到不同的選擇壓力表明這些選配的基因可能行使了多種宿主細(xì)胞生物學(xué)功能。總之，該研究為在脊椎動(dòng)物進(jìn)化過(guò)程中發(fā)生的逆轉(zhuǎn)錄病毒選配事件提供了一幅全景圖，對(duì)全面理解逆轉(zhuǎn)錄病毒和脊椎動(dòng)物間互作的進(jìn)化具有十分重要的意義。

卡波氏肉瘤病毒，又名人類皰疹病毒8型，是一種重要的人類腫瘤病毒，能導(dǎo)致卡波氏肉瘤和B細(xì)胞淋巴瘤等惡性腫瘤。ORF57是KSHV編碼的早期基因，在病毒復(fù)制過(guò)程中能穩(wěn)定病毒轉(zhuǎn)錄的mRNA從而促進(jìn)病毒復(fù)制，是病毒裂解復(fù)制過(guò)程中的重要功能蛋白。ORF57蛋白半衰期較短，因此維持其穩(wěn)定性對(duì)其發(fā)揮功能至關(guān)重要。既往報(bào)道證實(shí)ORF57蛋白通過(guò)二聚化而得以穩(wěn)定，然而ORF57二聚化的詳細(xì)生化機(jī)制長(zhǎng)期沒(méi)有得到充分的闡明。該研究利用X射線衍射技術(shù)成功解析了ORF57-CTD蛋白3.5?分辨率的二聚體結(jié)構(gòu)和3?分辨率的單體結(jié)構(gòu)，揭示了ORF57-CTD每一個(gè)單體球狀核心區(qū)域底部都含有一個(gè)保守的鋅離子CHCC結(jié)合序列并結(jié)合一個(gè)鋅離子；此外，ORF57-CTD的每個(gè)單體N端延伸出一個(gè)長(zhǎng)臂并包裹住另一個(gè)單體核心區(qū)域，且兩個(gè)單體的核心區(qū)域以反向平行的形式相互作用。因此，N端長(zhǎng)臂和核心區(qū)域的相互作用介導(dǎo)了ORF57的二聚化形成

項(xiàng)目成果/簡(jiǎn)介:云南大學(xué)省部共建云南生物資源保護(hù)與利用國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室張志剛團(tuán)隊(duì)于2020年2月2日開始對(duì)之前發(fā)表的馬來(lái)穿山甲病毒組學(xué)數(shù)據(jù)(該數(shù)據(jù)由2019年3月24日無(wú)法救護(hù)成功的穿山甲肺的樣本獲取)（Liu et al. 2019, Viruses 11, 979）進(jìn)行重新組裝和全面系統(tǒng)地分析，發(fā)現(xiàn)這批馬來(lái)穿山甲攜帶SARS-CoV-2相近的冠狀病毒（命名為Pangolin-CoV），其與SARS-C

云南大學(xué)省部共建云南生物資源保護(hù)與利用國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室張志剛團(tuán)隊(duì)于2020年2月2日開始對(duì)之前發(fā)表的馬來(lái)穿山甲病毒組學(xué)數(shù)據(jù)(該數(shù)據(jù)由2019年3月24日無(wú)法救護(hù)成功的穿山甲肺的樣本獲取)（Liu et al. 2019, Viruses 11, 979）進(jìn)行重新組裝和全面系統(tǒng)地分析，發(fā)現(xiàn)這批馬來(lái)穿山甲攜帶SARS-CoV-2相近的冠狀病毒（命名為Pangolin-CoV），其與SARS-CoV-2和BatCoV RaTG13（武漢病毒所石正麗團(tuán)隊(duì)報(bào)道）的基因組相似性分別為91.02%和90.55%。Pangolin-CoV與SARS-CoV-2的親緣關(guān)系僅次于RaTG13，但是Pangolin-CoV與SARS-CoV-2的S1功能基序高度一致，涉及與人類ACE2受體互作的五個(gè)關(guān)鍵氨基酸殘基完全一致，而RaTG13發(fā)生了四個(gè)突變，提示了Pangolin-CoV與SARS-CoV-2具有相似的宿主細(xì)胞識(shí)別能力。 新冠肺炎疫情(COVID-19)自2019年底爆發(fā)以來(lái)，迅速在世界范圍擴(kuò)散流行，新冠肺炎疫情是由嚴(yán)重急性呼吸系統(tǒng)綜合癥冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）引起的，控制COVID-19全球大流行，病毒溯源及其傳播途徑研究是當(dāng)前的關(guān)鍵任務(wù)之一。 該研究首次全面澄清了SARS-CoV-2與穿山甲冠狀病毒（Pangolin-CoV）、蝙蝠冠狀病毒（RaTG13）、2003年非典型肺炎冠狀病毒（SARS -CoV）以及2015年中東呼吸綜合征冠狀病毒（MERS-CoV）的關(guān)系，認(rèn)為除了蝙蝠和穿山甲之外，SARS-CoV-2還存在其它未知中間宿主，為進(jìn)一步攻克病毒源頭和傳播路徑提供了寶貴的參考。同時(shí)，該研究也呼吁保護(hù)加強(qiáng)野生動(dòng)物保護(hù)和管理，保護(hù)野生動(dòng)物，就是保護(hù)人類自己。