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成果描述：項(xiàng)目針對(duì)豬雞病原菌耐藥性導(dǎo)致細(xì)菌病難防控、用藥量大、產(chǎn)品藥殘的關(guān)鍵技術(shù)難題，取得了重大理論和方法創(chuàng)新成果。 項(xiàng)目揭示了我國(guó)近12年豬雞病原細(xì)菌耐藥性變化規(guī)律，建立菌種庫(kù)和耐藥數(shù)據(jù)庫(kù)，創(chuàng)立了5種細(xì)菌耐藥基因分子檢測(cè)新方法；改進(jìn)了7種動(dòng)物專用抗生素及其制劑的生產(chǎn)工藝和質(zhì)量；創(chuàng)制了非生素免疫增強(qiáng)劑4種。獲國(guó)家2類新獸證書6個(gè)，3類2個(gè)。獲國(guó)家發(fā)明專利12項(xiàng)，實(shí)用新型專利1項(xiàng)。主編參編專著6部，發(fā)表論文123篇，包括本專業(yè)權(quán)威SCI論文AAC(IF:4.672)，JAC(IF:4.659)等35篇。成果應(yīng)用使豬雞抗生素用量減少30%-70%，細(xì)菌病降低50%，節(jié)省用藥成本30%，為有效控制豬雞細(xì)菌感染及耐藥，減少抗生素使用，保障公共衛(wèi)生和食品安全提供了新的理論和技術(shù)。市場(chǎng)前景分析：應(yīng)用領(lǐng)域：本項(xiàng)目的應(yīng)用領(lǐng)域主要為獸藥、疫苗生產(chǎn)企業(yè)以及大中型豬雞養(yǎng)殖生產(chǎn)企業(yè)。可共同企業(yè)合作開發(fā)新型獸藥、生物制品等，同時(shí)也可為大中型豬雞養(yǎng)殖生產(chǎn)企業(yè)提供技術(shù)支撐，有效降低抗生素的使用，保障產(chǎn)品安全，打造高品質(zhì)放心品牌。市場(chǎng)需求：豬雞細(xì)菌性疾病嚴(yán)重危害公共衛(wèi)生和食品安全，如豬鏈球菌、豬雞沙門氏菌引起人感染發(fā)病的公共衛(wèi)生事件。在規(guī)模化養(yǎng)殖條件下，細(xì)菌性疾病呈多發(fā)趨勢(shì)如大腸桿菌等，畜禽因細(xì)菌性疾病致死或生產(chǎn)性能下降等造成全國(guó)年直接經(jīng)濟(jì)損失400億元（畜牧業(yè)年鑒2010）。病原細(xì)菌產(chǎn)生耐藥性是致細(xì)菌疾病難控治、用藥量大（每年畜禽抗生素原料藥用量多達(dá)10萬(wàn)噸）、產(chǎn)品藥殘高的關(guān)鍵技術(shù)難題，如近年來(lái)出現(xiàn)耐多種抗生素的結(jié)核桿菌、金黃葡萄球菌、大腸桿菌等“超級(jí)耐藥菌”，引起了極大關(guān)注。本項(xiàng)目通過(guò)產(chǎn)學(xué)研結(jié)合12年聯(lián)合攻關(guān)，創(chuàng)立了細(xì)菌耐藥基因的分子檢測(cè)新方法，揭示了細(xì)菌耐藥性變化規(guī)律，創(chuàng)新了耐藥性控制理論和應(yīng)用技術(shù)，并在安全高效新獸藥研發(fā)中得到廣泛應(yīng)用（圖1），可為保障我國(guó)豬雞養(yǎng)殖健康、公共衛(wèi)生和產(chǎn)品安全提供了有力的科技支撐，其市場(chǎng)需求極大。與同類成果相比的優(yōu)勢(shì)分析：“該項(xiàng)目已在國(guó)內(nèi)多個(gè)省市規(guī)模化豬場(chǎng)，雞場(chǎng)、示范區(qū)、飼料廠、獸藥廠等進(jìn)行了推廣應(yīng)用，成果應(yīng)用效益顯著。研究成果豐富了病原菌耐藥基因的基礎(chǔ)理論研究，為病原菌的耐藥性分子檢測(cè)和監(jiān)測(cè)提供了新的技術(shù)手段，項(xiàng)目選題技術(shù)路線合理，研究手段先進(jìn)，數(shù)據(jù)可靠，結(jié)果可信，具有先進(jìn)性、創(chuàng)新性和實(shí)用性的特點(diǎn)。其成果總體水平居國(guó)內(nèi)領(lǐng)先、國(guó)際先進(jìn)，部分成果處于國(guó)際領(lǐng)先水平”。

南京郵電大學(xué)理學(xué)院曾紅麗副教授與合作者在新型冠狀病毒SARS-CoV-2基因序列分析方面取得重要進(jìn)展，預(yù)測(cè)了該病毒在自然選擇過(guò)程中的適應(yīng)性，指出并分析了該病毒在演化過(guò)程中存在的弱點(diǎn)，分析了相應(yīng)綜合醫(yī)藥開發(fā)應(yīng)注意的關(guān)鍵基因位點(diǎn)。該成果以南京郵電大學(xué)為第一完成單位，于2020年11月17日在線發(fā)表于國(guó)際權(quán)威期刊美國(guó)國(guó)家科學(xué)院院刊（PNAS）上。 COVID-19疫情是由β-冠狀病毒SARS-CoV-2引起的全球性公共衛(wèi)生突發(fā)事件。各類數(shù)據(jù)庫(kù)搜集了大量的且不斷增加的高質(zhì)量全基因組序列。本工作利用這些序列，研究其是否顯示出病毒演化過(guò)程中上位性對(duì)適應(yīng)性的影響。在具有高重組率的種群演化中，本工作創(chuàng)新性地發(fā)展和應(yīng)用了統(tǒng)計(jì)物理學(xué)中的反Potts模型，來(lái)檢測(cè)自然選擇過(guò)程中的上位性影響。該工作為利用大量基因組序列來(lái)獲取具有高重組率的病原體在演化過(guò)程中的弱點(diǎn)開辟了廣闊前景。 該研究工作最終將新型冠狀病毒的大約3萬(wàn)個(gè)基因位點(diǎn)濃縮為存在顯著相互影響的8對(duì)基因位點(diǎn)（ORF3a和nsp2，nsp12和nsp6，ORF8和nsp4，以及基因nsp2，nsp13和nsp14），為尋找病毒病原體結(jié)合和重組過(guò)程中存在的弱點(diǎn)帶來(lái)了希望，對(duì)開發(fā)臨床治療的綜合靶向藥物、研究病毒進(jìn)入宿主后的發(fā)病機(jī)制有著很強(qiáng)的生物醫(yī)學(xué)指導(dǎo)意義。 和其他許多疾病一樣，針對(duì)COVID-19的潛在藥物靶標(biāo)的組合數(shù)量非常多。本研究工作不僅提供了哪些基因位點(diǎn)之間存在相互影響，并可以對(duì)其進(jìn)行排名，從而進(jìn)行更進(jìn)一步詳細(xì)研究。結(jié)合隨機(jī)性檢驗(yàn)，該研究工作最終預(yù)測(cè)了存在顯著上位性的8對(duì)基因位點(diǎn)中，有3對(duì)涉及到與新冠肺炎的重癥密切相關(guān)的病毒基因ORF3a。遺憾的是，目前關(guān)于針對(duì)ORF3a基因的臨床靶向藥物的報(bào)道還較為罕見，值得醫(yī)藥學(xué)研究人員在該方面加強(qiáng)研究。另外，本研究工作中預(yù)測(cè)的8對(duì)基因位點(diǎn)可作為實(shí)驗(yàn)生物學(xué)的原假設(shè)，以供生物學(xué)研究人員在此基礎(chǔ)上設(shè)置相關(guān)微生物實(shí)驗(yàn)，研究新冠病毒進(jìn)入人體后引起發(fā)病的機(jī)理。 此項(xiàng)研究工作由南京郵電大學(xué)與意大利的里雅斯特大學(xué)、古巴哈瓦那大學(xué)、瑞典哥德堡大學(xué)及瑞典皇家理工大學(xué)合作完成。曾紅麗副教授的研究工作受到國(guó)家自然科學(xué)基金委（基金號(hào)11705097）、江蘇省科學(xué)技術(shù)廳（基金號(hào)BK20170895）以及江蘇省政府留學(xué)獎(jiǎng)學(xué)金的大力支持。