發(fā)布包含兩萬(wàn)多擬南芥公共RNA-seq文庫(kù)的生物大數(shù)據(jù)在線分析平臺(tái)
翟繼先課題組此次發(fā)布的數(shù)據(jù)庫(kù)(Arabidopsis RNA-seq database, ARS)整合了來(lái)自GEO、SRA、ENA和DDBJ數(shù)據(jù)庫(kù)的20,068個(gè)擬南芥RNA-seq數(shù)據(jù),提供了“Google-style”在線查詢工具。該研究對(duì)所有文庫(kù)進(jìn)行了基因表達(dá)水平定量和共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析,并將所有文庫(kù)進(jìn)行分類,總共涉及1176個(gè)突變體、1102種處理?xiàng)l件、12個(gè)組織和176個(gè)發(fā)育時(shí)期,同時(shí)也對(duì)突變體和處理?xiàng)l件分別同對(duì)應(yīng)的對(duì)照組進(jìn)行差異表達(dá)分析。
南方科技大學(xué)
2021-04-14