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一種新的錄組測序快速建庫方法
基于SHERRY方法的轉(zhuǎn)錄組測序建庫流程如圖1所示，樣本可以來自裂解的單細胞或bulk RNA；RNA分子經(jīng)過oligo-dT 引物的反轉(zhuǎn)錄后，RNA/DNA雜合鏈可直接被Tn5轉(zhuǎn)座酶打斷（圖中灰色的波浪線及直線分別代表RNA及DNA分子）；在Tagmentation之后，轉(zhuǎn)座酶會在雜合鏈兩端加上adaptor接頭，進行之后的建庫PCR擴增。 基于100pg的RNA起始量，SHERRY表現(xiàn)出了高的read匹配率，同時可檢測出近9000個基因，其中72%的基因可在三個重復(fù)樣本中檢測出，可重復(fù)性較好。與目前普遍應(yīng)用于單細胞轉(zhuǎn)錄組測序的Smart-seq2技術(shù)相比，SHERRY與其建庫質(zhì)量不相上下，并且具較低的GC bias。此外，SHERRY整個流程僅需要5個步驟，且可在一個管子中完成，整個時間僅約4小時，其中手工操作時間不到半小時。相比之下，Smart-seq2整個耗時約為SHERRY二倍的時間，且需要一些前處理等操作；此外，包含十個步驟的NEBNext方法則需要更加多的實驗室操作和時間成本。值得一提的是，在成本方面，SHERRY方法僅為其他兩種方法的五分之一，將大大節(jié)省實驗成本。
北京大學(xué)
2021-04-10
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新冠肺炎疫情數(shù)據(jù)導(dǎo)航、防控態(tài)勢及溯源研究
為服務(wù)社會大眾了解疫情走勢，并為相關(guān)部門提供決策支持，北京航空航天大學(xué)北航大數(shù)據(jù)與腦機智能高精尖創(chuàng)新中心劉旭東教授、胡春明教授、李建欣教授等組織師生，與復(fù)雜系統(tǒng)可靠性實驗室李大慶研究員聯(lián)合組成團隊，全力投入建模和系統(tǒng)研發(fā)，已向決策部門提供疫情數(shù)據(jù)評估與預(yù)警報告、區(qū)域物資保障評估專項報告等，并迅速開發(fā)“新冠肺炎疫情數(shù)據(jù)導(dǎo)航服務(wù)”平臺，數(shù)據(jù)單日訪問量近 5 萬次。此外，中心還進行新型冠狀病毒的疫情評估與預(yù)測報告并開發(fā)疫情實時更新系統(tǒng)。中心對疫情現(xiàn)狀進行分析和預(yù)測，為公眾提供及時、準確的疫情態(tài)勢分析、走勢預(yù)測、輿情動態(tài)和政策措施等智能數(shù)據(jù)服務(wù)，實現(xiàn)全國及重點城市日度傳播系數(shù)計算、短期確診人數(shù)預(yù)測和長期疫情拐點與結(jié)束日期預(yù)測、疫情緩解系數(shù)評估等功能。此外，大數(shù)據(jù)與腦機智能高精尖創(chuàng)新中心研究團隊根據(jù)疫情確診患者相關(guān)公開數(shù)據(jù)，利用自然語言處理等技術(shù)，從已公開全國各省市直轄區(qū)四千余位確診患者軌跡中抽取了基本信息(性別、年齡、常住地、工作、接觸史等)、軌跡(時間、地點、交通工具、事件)及病患關(guān)系形成結(jié)構(gòu)化信息。同時開發(fā)確診患者軌跡可視化查詢與分析系統(tǒng)，為疫情傳播與防控相關(guān)研究提供有效支撐。
北京航空航天大學(xué)
2021-04-10
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用相關(guān)病毒模型篩選抗2019新冠病毒老藥
病毒的同源性包括基因組核苷酸序列的同源，也包括蛋白質(zhì)氨基酸序列的同源。在序列比對方面，穿山甲冠狀病毒與新冠病毒在氨基酸序列同源性方面超過90%的相似度。對于藥物篩選來說，蛋白質(zhì)氨基酸序列的同源性越高，意味著病毒生命活動的方式越相近，可以形象地理解為，兩個病毒的“行為方式”非常一致。這種“行為方式”與新冠病毒極為相似的病毒，能不能替代新冠病毒用于藥物篩選呢？童貽剛敏銳地意識到：如果可以，那么“篩藥”工作將在針對新冠病毒的同時，也保障了實驗的安全性，篩藥工作將走出高安全等級實驗室，走進普通P2實驗室。
北京化工大學(xué)
2021-04-10
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15分鐘新冠病毒感染快檢產(chǎn)品
由南京大學(xué)與美克醫(yī)學(xué)聯(lián)合研制成功的新型冠狀病毒（2019-nCoV）lgM/lgG抗體檢測試劑盒應(yīng)用了免疫層析法。lgM/lgG抗體是從感染到發(fā)病中出現(xiàn)的人體抗體，是近期感染的標志。在感染過程中l(wèi)gM是人體免疫系統(tǒng)中首先出現(xiàn)的抗體，然后lgG抗體出現(xiàn)，伴隨著lgM抗體衰減。檢測急性感染期新型冠狀病毒（2019-nCoV）特異性lgM/lgG抗體具有敏感性高、診斷及時、能判定疑似者是否感染等優(yōu)點。因此，檢測新型冠狀病毒(2019-nCov)lgM抗體具有重要的臨床意義，對有效控制大規(guī)模傳播具有重要的意義。
南京大學(xué)
2021-04-10
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新冠肺炎病毒傳播在建筑中的影響和控制
關(guān)于新冠肺炎病毒傳播在建筑中的影響和控制建議”的研究分析，由東南大學(xué)建筑學(xué)院建筑技術(shù)與科學(xué)研究所副教授李永輝及其團隊完成。在當前疫情防控和部分企業(yè)復(fù)工在即的形勢下，對停留時間長、室內(nèi)人員密度大、感染風(fēng)險高的住宅、辦公樓和醫(yī)院三類建筑使用中的疫情防控進行了研究分析。基于三種建筑類型的使用特點、室內(nèi)人員活動特征、空調(diào)系統(tǒng)的設(shè)計、設(shè)備運行的管理優(yōu)化措施等角度，對新型冠狀病毒傳播的預(yù)防與控制進行了研究分析并提出建議措施，助力疫情防控，并以期能夠?qū)罄m(xù)同類型建筑的規(guī)劃設(shè)計提供參考。該研究分別從以下方面進行研究分析并提供建議：1.住宅建筑?廚房排煙道；空調(diào)系統(tǒng)；電梯；樓梯間。2.辦公建筑辦公建筑內(nèi)空調(diào)系統(tǒng)的合理使用；全空氣空調(diào)系統(tǒng)及其使用策略；風(fēng)機盤管加新風(fēng)系統(tǒng)及其使用策略；多聯(lián)機及分體式空調(diào)與其使用策略；辦公建筑的應(yīng)急管理措施建議；辦公人員的自我防護建議。3.醫(yī)院建筑醫(yī)院手術(shù)室；傳染病專用門診科室；專用隔離區(qū)域；普通科室及其他區(qū)域；基于新型肺炎疫情對醫(yī)院空調(diào)系統(tǒng)設(shè)計及運行管理方面的建議。新建醫(yī)院建筑空調(diào)系統(tǒng)設(shè)計建議，既有醫(yī)院建筑空調(diào)系統(tǒng)在疫情期間運行建議。
東南大學(xué)
2021-04-10
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抗骨肉瘤候選藥物及新靶點發(fā)現(xiàn)研究
骨肉瘤（osteosarcoma）是一種惡性罕見腫瘤，也叫成骨肉瘤，較常見發(fā)生在20歲以下青少年或兒童的一種惡性骨腫瘤，是兒童和青少年惡性腫瘤死亡率第二高的疾病，僅次于血液疾病。骨肉瘤雖然是一種小眾惡性腫瘤，卻有40多個亞型，發(fā)病機制復(fù)雜，發(fā)病原因不清，藥物靶點未知，臨床表現(xiàn)為成熟的成骨細胞無法正常生長為組織骨細胞而發(fā)生癌變。骨肉瘤最早的治療手段是外科手術(shù)，采取截肢保命進行治療，也有采取化療和放療方法，但5年生存率都極差。目前，國內(nèi)外最先進的骨肉瘤治療方法通常采用手術(shù)聯(lián)合化療，可使病人治療后5年生存率有極大改善，提高至60-70%，但治療后極易復(fù)發(fā)，且癌癥轉(zhuǎn)移率高達80%（其中90%為肺部轉(zhuǎn)移），這導(dǎo)致一旦病人復(fù)發(fā)預(yù)后極差。在過去二十多年里，盡管通過增加化療劑量、變更次數(shù)以及建立美、日、歐多國協(xié)同診療機制（中國未受邀參與此計劃）等調(diào)整治療方法，但生存率并沒有進一步提高。一些新興療法，如基因和免疫療法等，由于個體差異和生物安全性等原因，目前也不能滿足臨床治療要求。因此，本項目針對骨肉瘤開發(fā)小分子靶向藥物，在實驗室所構(gòu)建的自有知識產(chǎn)權(quán)的結(jié)構(gòu)多樣性立體共價鍵抑制劑庫基礎(chǔ)上，通過表型篩選發(fā)現(xiàn)系列新型高選擇性、高親和性骨肉瘤共價鍵抑制劑分子，目前已開發(fā)針對不同亞型骨肉瘤細胞系SASJ-1，143B， MG63， MMNG/HOS和HOS的選擇性抑制劑，其中一個系列完成動物實驗水平的藥效學(xué)和初步毒性評估，顯示出良好的體內(nèi)有效性和低毒，獲得了與現(xiàn)有上市藥物索拉菲尼（用于轉(zhuǎn)移性腎癌的多把點藥物）在骨肉瘤上更好的藥效（52.9%的體內(nèi)抑制效果）和藥物耐受性，而且還可以進一步抑制骨肉瘤的腫瘤遷移。
骨肉瘤約占骨惡性腫瘤的33%，美國每年新增患者約1500名，中國每年新增患者約5000名。
多發(fā)于十幾歲及以下的青少年
發(fā)病隱匿，發(fā)現(xiàn)疼痛或者腫塊時已是中晚期
預(yù)后極差，診斷時出現(xiàn)轉(zhuǎn)移的患者存活率低于30%轉(zhuǎn)移率高達80%
華東師范大學(xué)
2021-05-10
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五位一體新冠肺炎臨床治療研究
重慶大學(xué)附屬三峽醫(yī)院作為重慶市指定的渝東北片區(qū)新冠肺炎醫(yī)療救治定點醫(yī)院，采取多學(xué)科會診、中西醫(yī)結(jié)合協(xié)同治療等方式積極開展救治工作。中醫(yī)藥張先祥團隊啟動新冠肺炎“五位一體”臨床治療研究。研判疫情特征，擬訂中醫(yī)預(yù)防用處方，在全院臨床科室推廣應(yīng)用，累計發(fā)放預(yù)防用中藥湯劑2.6萬袋，顆粒劑6000余袋。其中醫(yī)預(yù)防用處方能夠改善患者臨床癥狀，抑制炎癥反應(yīng)，促進肺部炎癥吸收。目前醫(yī)院中醫(yī)救治組形成了基本共識，在國家方案基礎(chǔ)上，起草了附屬三峽醫(yī)院治療點的中醫(yī)診療方案，并在臨床應(yīng)用過程中不斷優(yōu)化。 在專家組的指導(dǎo)下，中醫(yī)藥累計干預(yù)患者 160人，250人次，臨床證明中醫(yī)藥干預(yù)可以改善患者臨床癥狀，抑制炎癥反應(yīng)，促進肺部炎癥吸收，縮短患者住院日，降低患者費用，充分發(fā)揮了中醫(yī)藥的簡便效廉的作用。目前出院患者住院日在 9 天左右。經(jīng)過醫(yī)護人員精心診治截至2月12日，累計收治新冠肺炎確診患者204例，治愈出院60例。 重慶大學(xué)附屬三峽醫(yī)院重癥病區(qū)醫(yī)生討論
重慶大學(xué)
2021-04-10
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無償提供新冠病毒和SARS編碼基因的表達載體
山東大學(xué)高等醫(yī)學(xué)研究院王培會課題組目前擁有SARS和COVID-19編碼的所有基因。為了減少科研人員重復(fù)工作和科研經(jīng)費浪費，現(xiàn)無償為學(xué)術(shù)界提供pcDNA6B-viral gene-FLAG載體。另外，對于擅長PCR和分子克隆的實驗室，也可以自行合成（最快只需3-7天）。如果并不擅長PCR和分子克隆，推薦等待郵寄方式（聯(lián)系方式[email protected]）。
山東大學(xué)
2021-04-10
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淚水及結(jié)膜分泌物有新冠病毒的研究
新冠病毒除了呼吸道傳播以外，是否還有其他途徑，這一直是科研人員關(guān)心的熱點問題。2月26日，浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一院副院長、眼科學(xué)科帶頭人沈曄教授團隊，在《醫(yī)學(xué)病毒學(xué)雜志》(Journal of Medical Virology)在線發(fā)表了一項研究工作，揭示在研究的新冠肺炎患者樣本中，存在一名結(jié)膜炎患者的眼淚和結(jié)膜分泌物樣本，在核酸檢測中出現(xiàn)病毒陽性結(jié)果。該研究第一作者為夏建華，共同通訊作者為沈曄、郭東煜。論文第一單位為浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院。沈曄介紹，研究不同的傳播方式，對于把握新冠病毒傳染規(guī)律，改進疾病治療方法和防控措施具有重要意義。浙大科研人員從1月26日至2月9日在浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院確診的30例新冠肺炎患者，對他們的淚液和結(jié)膜分泌物混合物開展研究。在第一階段6例樣本研究中，均未發(fā)現(xiàn)核酸檢測病毒陽性。團隊果斷認為，已有樣本并不具有代表性與全面性，為此需要延長觀察周期，繼續(xù)留在隔離病房開展采樣與研究。研究團隊在一位新冠肺炎患者身上發(fā)現(xiàn)，該病人左眼具有結(jié)膜炎癥，即新冠引起的紅眼病，而右眼沒有此癥狀。而在此前的了解中，該患者入院前無結(jié)膜炎。本次研究中的其他患者樣品核酸檢測均為陰性。研究樣本這位患者眼部的差異性非常具有代表性，在征得同意后，我們就研究結(jié)膜炎癥是否與病毒具有聯(lián)系。”通過核酸檢測，浙大研究人員發(fā)現(xiàn)患有結(jié)膜炎的左眼新冠病毒檢測為陽性，而右眼則是陰性。為確保研究準確性，對兩只眼睛的結(jié)膜分泌物做了三次核酸檢查，結(jié)果均一致。目前該患者通過抗病毒綜合治療，整體治愈的情況下，結(jié)膜炎癥也轉(zhuǎn)好，再次檢測眼部病毒轉(zhuǎn)陰。對于患者是如何因新冠病毒發(fā)生眼部結(jié)膜炎癥的，科研人員表示仍在持續(xù)研究。
浙江大學(xué)
2021-04-10
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穿山甲或為新冠病毒潛在中間宿主的研究
2020年2月7日，華南農(nóng)業(yè)大學(xué)、嶺南現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科學(xué)與技術(shù)廣東省實驗室舉行新聞發(fā)布會。嶺南現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科學(xué)與技術(shù)廣東省實驗室、華南農(nóng)業(yè)大學(xué)教授沈永義、肖立華等科研人員通過聯(lián)合攻關(guān)，在新型冠狀病毒潛在中間宿主的溯源上取得重大突破。最新研究表明穿山甲為新型冠狀病毒的潛在中間宿主。這一最新發(fā)現(xiàn)將對新型冠狀病毒的源頭防控具有重大意義。 攻關(guān)團隊通過分析1000多份宏基因組樣品，鎖定穿山甲為新型冠狀病毒的潛在中間宿主；繼而通過分子生物學(xué)檢測，揭示穿山甲中β冠狀病毒的陽性率為70%；進一步對病毒進行分離鑒定，電鏡下觀察到典型的冠狀病毒顆粒結(jié)構(gòu)；最后通過對病毒的基因組分析，發(fā)現(xiàn)分離的病毒株與目前感染人的毒株序列相似度高達99%。 以上結(jié)果表明穿山甲為新型冠狀病毒的潛在中間宿主。研究結(jié)果對本次疫情的源頭防控具有重大意義，也對野生動物管控的相關(guān)政策調(diào)整提供科學(xué)依據(jù)。
華南農(nóng)業(yè)大學(xué)
2021-04-10