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癌細(xì)胞簡化自身基因組冗余序列以便快速增殖
核糖體DNA編碼核糖體的關(guān)鍵組分-核糖體RNA，對蛋白質(zhì)翻譯和細(xì)胞增殖具有重要的作用。然而，核糖體DNA的拷貝數(shù)在人類基因組中是易變的，由于技術(shù)手段的限制，人們對哺乳動物細(xì)胞如何維持和控制核糖體DNA的拷貝數(shù)和穩(wěn)定性所知甚少。本研究應(yīng)用計(jì)算生物學(xué)和數(shù)字微滴式PCR（Droplet digital PCR）方法分析了正常和癌癥狀態(tài)下，人類和小鼠基因組中核糖體DNA的拷貝數(shù)和序列變異情況。發(fā)現(xiàn)人類癌癥基因組中核糖體DNA拷貝數(shù)出乎意料地顯著減少，并伴隨許多其他基因拷貝數(shù)的變異。此外，癌癥基因組的核糖體DNA序列也更易發(fā)生突變。 根據(jù)文獻(xiàn)證據(jù)的提示，研究團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步探討了癌癥模型中mTOR（哺乳動物雷帕霉素靶蛋白，mammalian target of rapamycin）功能與核糖體DNA拷貝數(shù)減少的關(guān)系。發(fā)現(xiàn)Pten基因（mTOR信號通路的負(fù)調(diào)控因子）敲除的白血病小鼠模型中，癌癥造血干細(xì)胞早期就出現(xiàn)核糖體DNA拷貝數(shù)的減少，但其細(xì)胞增殖、核糖體RNA合成和蛋白翻譯水平等均顯著提高。說明核糖體DNA拷貝數(shù)丟失是mTOR通路過表達(dá)的癌癥的一種常見特征。這一研究結(jié)果提示，測定核糖體DNA拷貝數(shù)，可成為預(yù)測癌癥對DNA損傷藥物敏感性的一個簡單而有效的新指標(biāo)。
中山大學(xué)
2021-04-13
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王國俊研究員與合作團(tuán)隊(duì)聯(lián)合發(fā)現(xiàn)病毒編碼蛋白新機(jī)制:病毒基因與人類基因融合產(chǎn)生新型嵌合蛋白
RNA病毒一直給人類健康帶來巨大威脅。分節(jié)段負(fù)鏈RNA病毒（sNSV）通過自身攜帶的RNA聚合酶搶奪宿主細(xì)胞mRNA的5’端帽子結(jié)構(gòu)，轉(zhuǎn)錄為病毒mRNA，合成的病毒mRNA是由宿主基因和病毒基因組成的嵌合mRNA。此過程被稱為“Cap-snatching”，是sNSV復(fù)制周期中的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。 一直以來，人們認(rèn)為：病毒mRNA翻譯的蛋白只包含病毒基因的開放閱讀框（ORF），宿主來源的mRNA序列的作用是其5’端帽子結(jié)構(gòu)可供宿主細(xì)胞翻譯體系識別，其他宿主源遺傳信息沒有合成病毒蛋白的功能。 該研究揭示了病毒編碼蛋白的新機(jī)制。 研究發(fā)現(xiàn)，病毒搶奪過來的宿主源mRNA片段，不僅起到5’端帽子結(jié)構(gòu)的作用，而且這些宿主源mRNA片段包括起始密碼子（AUG），宿主細(xì)胞可以從宿主的AUG開始翻譯，編碼兩類宿主與病毒的嵌合蛋白。若宿主源AUG與原有病毒蛋白ORF在同一讀碼框中（in-frame），產(chǎn)生的蛋白為 N 端延長的宿主與病毒嵌合蛋白； 若宿主源AUG與原有病毒蛋白ORF不在同一讀碼框中（off-frame），產(chǎn)生的蛋白為新型的嵌合蛋白（Novel host-virus encoded proteins）。 進(jìn)一步研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)：流感病毒感染細(xì)胞后可以產(chǎn)生上述兩類嵌合蛋白，這些嵌合蛋白可以誘導(dǎo)T細(xì)胞反應(yīng)，并且與病毒的毒力相關(guān)。該研究提示，這種新的病毒蛋白編碼機(jī)制可能不僅僅局限于流感病毒，在其他人類病毒、動物病毒和植物病毒中也廣泛存在這種宿主與病毒嵌合蛋白的編碼機(jī)制。 本研究是由美國紐約西奈山伊坎醫(yī)學(xué)院（Icahn School of Medicine at Mount Sinai）牽頭，多國科研工作者共同合作完成。
內(nèi)蒙古大學(xué)
2021-02-01
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轉(zhuǎn)基因小鼠骨骼肌營養(yǎng)不良模型的構(gòu)建方法
本發(fā)明提供一種轉(zhuǎn)基因小鼠骨骼肌營養(yǎng)不良模型的構(gòu)建方法，其是利用Tet?on系統(tǒng)與轉(zhuǎn)基因技術(shù)構(gòu)建可以在肌肉內(nèi)特異性誘導(dǎo)表達(dá)microRNA29a和microRNA29b1的轉(zhuǎn)基因小鼠，可作為人Ullrich型先天性肌營養(yǎng)不良的實(shí)驗(yàn)動物模型，與Ullrich型先天性肌營養(yǎng)不良的表現(xiàn)相同，本發(fā)明構(gòu)建的實(shí)驗(yàn)動物模型在生長過程中也存在嚴(yán)重的呼吸問題，約17％的小鼠會在斷乳前由于呼吸障礙而死亡，全部轉(zhuǎn)基因鼠會出現(xiàn)骨骼肌發(fā)育不良，為人Ullrich型先天性肌營養(yǎng)不良的治療與研究提供了有力的工具。
中國農(nóng)業(yè)大學(xué)
2021-04-11
一種估計(jì)基因組育種值的方法及裝置
本發(fā)明實(shí)施例提供一種估計(jì)基因組育種值的方法及裝置，該方法包括：根據(jù)矩陣M?1的子塊數(shù)和預(yù)設(shè)的MPI進(jìn)程數(shù)n，確定MPI進(jìn)程MPIi讀取的根據(jù)表型數(shù)據(jù)文件的記錄條數(shù)、矩陣A?1中的個體數(shù)和所述MPI進(jìn)程數(shù)n，確定MPI進(jìn)程MPIi讀取的系數(shù)矩陣Wi和根據(jù)MPI進(jìn)程MPIi的系數(shù)矩陣Wi和確定待估計(jì)的基因組育種值。本發(fā)明實(shí)施例可以實(shí)現(xiàn)計(jì)算機(jī)資源與運(yùn)算速度的最優(yōu)化，節(jié)約運(yùn)算時間，提高工作效率。
中國農(nóng)業(yè)大學(xué)
2021-04-11
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一種小麥抗穗發(fā)芽基因TaZFP18及其應(yīng)用
項(xiàng)目成果/簡介:本發(fā)明公開了一種小麥抗穗發(fā)芽基因TaZFP18,所述基因包含如SEQ?ID?NO.1所示的核苷酸序列,或包含與SEQ?ID?NO.1序列互補(bǔ)的核苷酸序列,該基因編碼CCCH型鋅指蛋白18,可作為小麥穗發(fā)芽抗感品種的分子標(biāo)記基因.該小麥抗穗發(fā)芽基因TaZFP18為一種新的小麥抗穗發(fā)芽主效基因,利用其開發(fā)分子標(biāo)記,可以迅速鑒定小麥?zhǔn)欠駷樗氚l(fā)芽抗性品種,也為小麥穗發(fā)芽抗性育種提供了新的基因資源.
安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)
2021-04-10
基因放療引起放射性腦損傷相關(guān)SNP標(biāo)志物
放療是鼻咽癌首選的治療方式，而放療引起的放射性腦損傷是鼻咽癌患者最嚴(yán)重的晚期不良反應(yīng)之 放療是鼻咽癌首選的治療方式，而放療引起的放射性腦損傷是鼻咽癌患者最嚴(yán)重的晚期不良反應(yīng)之 一。該不良反應(yīng)往往具有不可逆性，極大地影響患者的生活質(zhì)量。放射性腦損傷一旦發(fā)生，治療頗為困 一。該不良反應(yīng)往往具有不可逆性，極大地影響患者的生活質(zhì)量。放射性腦損傷一旦發(fā)生，治療頗為困 難，因此，對接受放療的鼻咽癌患者進(jìn)行放射性腦損傷發(fā)病風(fēng)險預(yù)測，對高危個體提前采取針對性的保護(hù)措施，實(shí)現(xiàn)腫瘤的個體化治療，顯得尤為重要。 本發(fā)明公開了DISC1FP1基因上的SNP位點(diǎn)rs10501719作為與腫瘤放療引起的放射性腦損傷發(fā)病風(fēng)險相 關(guān)的標(biāo)志物的應(yīng)用。同時，制備得到一種預(yù)測腫瘤放療引起的放射性腦損傷發(fā)病風(fēng)險的試劑盒，利用該試 劑盒檢測SNP標(biāo)志物分型，聯(lián)合患者臨床信息可以更加全面準(zhǔn)確的評估鼻咽癌患者發(fā)生放射性腦損傷的患 病風(fēng)險。
中山大學(xué)
2021-04-10
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SARS-CoV-2基因組分析進(jìn)化和起源的研究
2020年3月8日，安徽師范大學(xué)在bioRxiv上上傳了一篇題為Genome-widedata inferring the evolution and population demography of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) 的研究分析，作者使用10個新測序的SARS-CoV-2基因組，并結(jié)合GISAID數(shù)據(jù)庫中的136個基因組，通過不同的分析方法（如EBSP、錯配和中性檢測等）研究前三個月數(shù)據(jù)的遺傳變異和統(tǒng)計(jì)。 結(jié)果顯示80個單倍型共有183個突變位點(diǎn)，包括27個簡約性信息位點(diǎn)和156個單一位點(diǎn)。對遺傳多樣性的滑動窗口分析表明，SARS-CoV-2基因組豐度的變化有一定范圍，這可以解釋目前這種病毒的廣泛和高適應(yīng)性。遺傳學(xué)分析不支持穿山甲是中間宿主。在最初的單倍型（H14）中，一個患者樣本居住在華南海鮮市場附近（約2公里），這表明患者有無意識接觸該市場史的可能性很高。然而，基于這個線索，也無法準(zhǔn)確斷定這個市場是否是SARS-CoV-2的起源中心。此外，從這個市場收集的16個基因組，包含10個單倍型，表明市場在短期內(nèi)出現(xiàn)循環(huán)感染，這可能導(dǎo)致武漢和其他地區(qū)爆發(fā)SARS-CoV-2。EBSP結(jié)果顯示，第一個估計(jì)的擴(kuò)展日期從2019年12月7日開始，這表明SARS-CoV-2的傳染可能在11月中下旬開始。
安徽師范大學(xué)
2021-04-10
一種小麥抗穗發(fā)芽基因TaZFP18及其應(yīng)用
本發(fā)明公開了一種小麥抗穗發(fā)芽基因TaZFP18,所述基因包含如SEQ?ID?NO.1所示的核苷酸序列,或包含與SEQ?ID?NO.1序列互補(bǔ)的核苷酸序列,該基因編碼CCCH型鋅指蛋白18,可作為小麥穗發(fā)芽抗感品種的分子標(biāo)記基因.該小麥抗穗發(fā)芽基因TaZFP18為一種新的小麥抗穗發(fā)芽主效基因,利用其開發(fā)分子標(biāo)記,可以迅速鑒定小麥?zhǔn)欠駷樗氚l(fā)芽抗性品種,也為小麥穗發(fā)芽抗性育種提供了新的基因資源.
安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)
2021-04-29
VvSUC27基因在促進(jìn)植物攝取外界蔗糖中的應(yīng)用
本發(fā)明涉及基因工程技術(shù)領(lǐng)域，具體公開了VvSUC27基因(GenBank登錄號：AF021810)在促進(jìn)植物攝取外界蔗糖中的應(yīng)用以及其在促進(jìn)植物生長(尤其是在弱光環(huán)境或無光環(huán)境中生長)中的應(yīng)用。本發(fā)明通過過表達(dá)VvSUC27基因，促進(jìn)了植物攝取外界蔗糖，同時可使轉(zhuǎn)基因植物出現(xiàn)快速生長的表型，并且可以在微光甚至使無光下快速生長，證實(shí)了該基因的一個新的功能應(yīng)用。VvSUC27基因的克隆和轉(zhuǎn)基因的應(yīng)用，有望應(yīng)用于肉質(zhì)根或塊根植物及花卉等植物的培育中，使得植物即使在無光下也能快速生長，有利于節(jié)約光能減少能源的浪費(fèi)。
中國農(nóng)業(yè)大學(xué)
2021-04-11
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預(yù)測重型肝炎病情基因的甲基化檢測方法及試劑
本發(fā)明涉及預(yù)測重型肝炎病情基因的甲基化狀態(tài)檢測的方法及試劑，提取病人外周血單個核細(xì)胞 DNA 進(jìn)行亞硫酸氫鹽修飾后，分別用谷胱甘 肽 S-轉(zhuǎn)移酶 M3 甲基化（M）特異性和非甲基化（U）特異性引物對進(jìn)行甲基化 特異性聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)，根據(jù)擴(kuò)增產(chǎn)物判斷其甲基化狀態(tài)，有助于臨床醫(yī)生判 定重型肝炎患者的病情和指導(dǎo)治療。
山東大學(xué)
2021-04-13