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我校理學(xué)院大數(shù)據(jù)研究團(tuán)隊(duì)在人工智能與大數(shù)據(jù)處理技術(shù)研究方面取得系列進(jìn)展，研究成果分別發(fā)表在IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems、IEEE Transactions on Cybernetics和Information Sciences三大人工智能頂級期刊。神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)是人工智能領(lǐng)域中目前最為火熱的研究方向——深度學(xué)習(xí)的架構(gòu)基礎(chǔ)。雖然深度學(xué)習(xí)在近幾年發(fā)展迅速，但是關(guān)于如何設(shè)計(jì)最優(yōu)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)架構(gòu)的問題仍處于探索階段。該團(tuán)隊(duì)分別針對人工智能中神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)復(fù)雜、高維大規(guī)模數(shù)據(jù)存在無效和冗余特征、難以獲取長時(shí)序信息等問題與缺陷，設(shè)計(jì)出了一系列網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)優(yōu)化、大數(shù)據(jù)特征選擇和時(shí)序循環(huán)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型，有效改善了上述不足，提高了人工智能模型的學(xué)習(xí)性能。 題目為《帶Group Lasso懲罰與控制冗余的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)特征選擇》（Feature Selection using a Neural Network With Group Lasso Regularization and Controlled Redundancy）的研究論文發(fā)表在人工智能領(lǐng)域權(quán)威國際期刊IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems。王健副教授和博士生張華清為該論文共同第一作者， 我校榮譽(yù)教授Nikhil R. Pal院士（印度統(tǒng)計(jì)研究所）參與指導(dǎo)，中國石油大學(xué)（華東）為第一署名單位。該項(xiàng)工作得到國家自然科學(xué)基金、國家科技重大專項(xiàng)、山東自然科學(xué)基金、中央高校基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)、中國石油天然氣集團(tuán)公司重大科技項(xiàng)目以及山東省高校青年創(chuàng)新科技支撐計(jì)劃的資助。 特征選擇技術(shù)也稱屬性選擇，是指從原始特征或?qū)傩灾羞x擇出最有效的特征或?qū)傩砸越档蛿?shù)據(jù)維度的過程，它是人工智能數(shù)據(jù)預(yù)處理環(huán)節(jié)的重要步驟，也是大數(shù)據(jù)處理技術(shù)的重要環(huán)節(jié)。該項(xiàng)工作在神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)中嵌入Group Lasso懲罰項(xiàng)并實(shí)現(xiàn)特征冗余控制，在選出對解決問題最有幫助、蘊(yùn)含信息量最大的特征或?qū)傩缘耐瑫r(shí)，控制所選特征子集的冗余程度，以達(dá)到降維的最優(yōu)效果，從而使模型的泛化能力更強(qiáng)，降低神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型產(chǎn)生過擬合的風(fēng)險(xiǎn)。 題目為《基于L1正則化的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)優(yōu)化模型設(shè)計(jì)與分析》（Learning Optimized Structure of Neural Networks by Hidden Node Pruning With L1Regularization）的研究論文發(fā)表在國際人工智能領(lǐng)域權(quán)威期刊IEEE Transactions on Cybernetics。碩士生謝雪濤和博士生張華清為論文共同第一作者，王健副教授為通訊作者，我校榮譽(yù)教授Nikhil R. Pal院士（印度統(tǒng)計(jì)研究所）參與指導(dǎo)，中國石油大學(xué)（華東）為第一署名單位。該項(xiàng)研究成果得到了國家自然科學(xué)基金、山東省自然科學(xué)基金和中央高校基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)的資助。 該項(xiàng)工作借助L1正則子具有的稀疏表達(dá)能力，提出兩種神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)優(yōu)化學(xué)習(xí)模型；本項(xiàng)工作另外一個(gè)突出貢獻(xiàn)就是提出了一種簡單且具有通用性的收斂性證明方法，同時(shí)保證了模型設(shè)計(jì)的合理性。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明所提出模型具有強(qiáng)大的魯棒性、廣泛的適用性、理想的剪枝能力和良好的泛化能力，適用處理高維大數(shù)據(jù)。該研究成果在人工智能與深度學(xué)習(xí)構(gòu)造最簡網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)方面具有很強(qiáng)的指導(dǎo)作用和應(yīng)用推廣價(jià)值。

本發(fā)明提供了用于檢測不同基因型雞新城疫病毒(NDV)的試劑盒，屬于RT?PCR檢測技術(shù)領(lǐng)域。本發(fā)明的試劑盒含有一對特異性引物，其核苷酸序列分別如SEQ ID NO.1?2所示。本發(fā)明還提供了檢測不同基因型雞新城疫病毒的方法。本發(fā)明試劑盒和檢測方法具有高特異性、高靈敏度、高效率、通用性好、低成本的特點(diǎn)，可在6h內(nèi)對臨床病料進(jìn)行快速鑒別診斷，本發(fā)明為NDV的早期快速診斷和開展分子流行病學(xué)調(diào)查提供技術(shù)手段，以更好地指導(dǎo)養(yǎng)禽生產(chǎn)中對該病的防控。

本發(fā)明公開了一種斜生纖孔菌鯊烯合酶基因及其編碼的蛋白質(zhì)與用途，本發(fā)明所提供的鯊烯合酶基因具有SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或者添加、取代、插入或缺失一個(gè)或多個(gè)核苷酸的同源序列或其等位基因及其衍生的核苷酸序列。所示基因編碼的蛋白質(zhì)具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列或者添加、取代、插入或缺失一個(gè)或多個(gè)氨基酸的同源序列。本發(fā)明提供的鯊烯合酶基因可以通過基因工程技術(shù)提高斜生纖孔菌中樺褐孔菌醇的含量，可用于利用轉(zhuǎn)基因技術(shù)來提高斜生纖孔菌中樺褐孔菌醇含量的研究和產(chǎn)業(yè)化中。而這些次生代謝產(chǎn)物在臨床上具有抗腫瘤、防治艾滋病等潛在的應(yīng)用價(jià)值，對保護(hù)人民的健康生長有所幫助。因而本發(fā)明具有很大的應(yīng)用前景。

本發(fā)明公開了一種黃牛TAS1R2基因的單核苷酸多態(tài)性及其檢測方法，其基因單核苷酸多態(tài)性包括：以包含TAS1R2基因的待測黃牛全基因組DNA為模板，以引物對P為引物，PCR擴(kuò)增黃牛TAS1R2基因；對產(chǎn)物進(jìn)行變性后，再對變性后的擴(kuò)增片段進(jìn)行聚丙烯酰胺凝膠電泳；根據(jù)電泳結(jié)果鑒定黃牛TAS1R2基因第288bp的堿基多態(tài)性。該方法是一種在DNA水平上篩查和檢測與黃牛產(chǎn)肉性狀密切相關(guān)的分子遺傳標(biāo)記，以用于黃牛的輔助選擇和分子育種，加快黃牛良種繁育速度

南京郵電大學(xué)理學(xué)院曾紅麗副教授與合作者在新型冠狀病毒SARS-CoV-2基因序列分析方面取得重要進(jìn)展，預(yù)測了該病毒在自然選擇過程中的適應(yīng)性，指出并分析了該病毒在演化過程中存在的弱點(diǎn)，分析了相應(yīng)綜合醫(yī)藥開發(fā)應(yīng)注意的關(guān)鍵基因位點(diǎn)。該成果以南京郵電大學(xué)為第一完成單位，于2020年11月17日在線發(fā)表于國際權(quán)威期刊美國國家科學(xué)院院刊（PNAS）上。 COVID-19疫情是由β-冠狀病毒SARS-CoV-2引起的全球性公共衛(wèi)生突發(fā)事件。各類數(shù)據(jù)庫搜集了大量的且不斷增加的高質(zhì)量全基因組序列。本工作利用這些序列，研究其是否顯示出病毒演化過程中上位性對適應(yīng)性的影響。在具有高重組率的種群演化中，本工作創(chuàng)新性地發(fā)展和應(yīng)用了統(tǒng)計(jì)物理學(xué)中的反Potts模型，來檢測自然選擇過程中的上位性影響。該工作為利用大量基因組序列來獲取具有高重組率的病原體在演化過程中的弱點(diǎn)開辟了廣闊前景。 該研究工作最終將新型冠狀病毒的大約3萬個(gè)基因位點(diǎn)濃縮為存在顯著相互影響的8對基因位點(diǎn)（ORF3a和nsp2，nsp12和nsp6，ORF8和nsp4，以及基因nsp2，nsp13和nsp14），為尋找病毒病原體結(jié)合和重組過程中存在的弱點(diǎn)帶來了希望，對開發(fā)臨床治療的綜合靶向藥物、研究病毒進(jìn)入宿主后的發(fā)病機(jī)制有著很強(qiáng)的生物醫(yī)學(xué)指導(dǎo)意義。 和其他許多疾病一樣，針對COVID-19的潛在藥物靶標(biāo)的組合數(shù)量非常多。本研究工作不僅提供了哪些基因位點(diǎn)之間存在相互影響，并可以對其進(jìn)行排名，從而進(jìn)行更進(jìn)一步詳細(xì)研究。結(jié)合隨機(jī)性檢驗(yàn)，該研究工作最終預(yù)測了存在顯著上位性的8對基因位點(diǎn)中，有3對涉及到與新冠肺炎的重癥密切相關(guān)的病毒基因ORF3a。遺憾的是，目前關(guān)于針對ORF3a基因的臨床靶向藥物的報(bào)道還較為罕見，值得醫(yī)藥學(xué)研究人員在該方面加強(qiáng)研究。另外，本研究工作中預(yù)測的8對基因位點(diǎn)可作為實(shí)驗(yàn)生物學(xué)的原假設(shè)，以供生物學(xué)研究人員在此基礎(chǔ)上設(shè)置相關(guān)微生物實(shí)驗(yàn)，研究新冠病毒進(jìn)入人體后引起發(fā)病的機(jī)理。 此項(xiàng)研究工作由南京郵電大學(xué)與意大利的里雅斯特大學(xué)、古巴哈瓦那大學(xué)、瑞典哥德堡大學(xué)及瑞典皇家理工大學(xué)合作完成。曾紅麗副教授的研究工作受到國家自然科學(xué)基金委（基金號11705097）、江蘇省科學(xué)技術(shù)廳（基金號BK20170895）以及江蘇省政府留學(xué)獎學(xué)金的大力支持。

本發(fā)明涉及基因工程技術(shù)領(lǐng)域，特別涉及甘藍(lán)型油菜及其親本物種白菜和甘藍(lán)TT2基因家族及其應(yīng)用； 所述白菜透明種皮2的基因家族包括2個(gè)成員：BrTT2-l基因和BrTT2-2基因，所述甘藍(lán)TT2的基因家族的 1個(gè)成員BoTT2基因，所述甘藍(lán)型油菜TT2基因家族包括3個(gè)成員：BnTT2-l基因、BnTT2-2基因和BnTT2- 3基因；蕓菱屬6個(gè)TT2基因之間具有很高的同源性；本發(fā)明還公開了上述基因家族在植物分子育種中的應(yīng) 用,通過反義抑制其在黑籽甘藍(lán)型油菜中的表達(dá)后,轉(zhuǎn)基因植株發(fā)生了種皮顏色變淺等性狀變化，具有創(chuàng)造 轉(zhuǎn)基因黃籽材料的潛力。

本發(fā)明涉及基因工程技術(shù)領(lǐng)域，特別涉及甘藍(lán)型油菜及其親本物種白菜和甘藍(lán)MYBL2基因家族及其應(yīng) 用；所述白菜MYBL2基因家族包括2個(gè)成員：BrMYBL2-l基因和BrMYBL2-2基因，所述甘藍(lán)MYBL2基因家 族包括2個(gè)成員：B0MYBL2-1基因和BoMYBL2-2基因，所述甘藍(lán)型油菜MYBL2基因家族包括4個(gè)成員： BnMYBL2-l基因、BnMYBL2-2基因、BnMYBL2-3基因和BnMYBL2-4基因；蕓臺屬8個(gè)MYBL2基因之間具 有較高的同源性；本發(fā)明還公開了上述基因家族在植物分子育種中的應(yīng)用，通過構(gòu)建正義超量表達(dá)植物載體，轉(zhuǎn)化黑籽甘藍(lán)型油菜品種中雙10號后，獲得6株轉(zhuǎn)基因植株。與非轉(zhuǎn)基因的外植體對照相比，轉(zhuǎn)基因植 株生長發(fā)育正常，但種皮中原花青素等色素減少，同時(shí)種皮變薄，形成轉(zhuǎn)基因黃籽性狀，是油菜黃籽性狀育 種的新資源。

 三疣梭子蟹基因組圖譜     唐伯平供圖蝦蟹類基因組是公認(rèn)的高復(fù)雜基因組，要獲得高質(zhì)量的基因組有著很多困難。近日，由鹽城師范學(xué)院江蘇省鹽土生物資源研究重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室教授唐伯平課題組牽頭的中外合作團(tuán)隊(duì)，第一次獲得了我國重要淡水和海水經(jīng)濟(jì)蟹類中華絨螯蟹和三疣梭子蟹的高質(zhì)量基因組圖譜，并分別在線發(fā)表于GigaScience和《遺傳學(xué)前沿》。三疣梭子蟹（Portunus trituberculatus）是我國沿海大型的海洋經(jīng)濟(jì)蟹類，我國每年捕撈量在55萬噸左右。唐伯平團(tuán)隊(duì)獲得的三疣梭子蟹基因組大小為1.00Gb，片段重疊群N50的長度為 4.12Mb，被注釋到16796個(gè)蛋白編碼基因，其基因組的完整性為94.7%，整個(gè)基因組的重復(fù)序列是54.52%。科研人員鑒定出三疣梭子蟹染色體為50對，裝配率為97.80%，Hi-C的N50為21.79Mb。這是一個(gè)高質(zhì)量、相當(dāng)完整的染色體水平基因組，也是蟹類研究中第一次通過分子生物學(xué)的方法精確地對蟹類染色體數(shù)目進(jìn)行鑒定。 三疣梭子蟹    唐伯平供圖中華絨螯蟹（Eriocheir japonica sinensis）俗稱河蟹，是世界上最重要的淡水經(jīng)濟(jì)蟹類，目前我國每年河蟹產(chǎn)量為80萬噸左右。研究人員獲得的中華絨螯蟹基因組大小為1.27Gb，Contig序列N50為3.19Mb，且其GC含量為43%，高于其他節(jié)肢動物。BUSCO評估其完整性為94.00%，重復(fù)序列在基因組中占61.42%，被功能注釋蛋白編碼基因22619個(gè)。 中華絨螯蟹   唐伯平供圖唐伯平團(tuán)隊(duì)對甲殼動物中華絨螯蟹、三疣梭子蟹、凡納濱對蝦，昆蟲埃及伊蚊、黑腹果蠅、偏瞳蔽眼蝶、蜘蛛等7種節(jié)肢動物基因家系展開進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)，它們共有15503個(gè)基因家系，其中8832個(gè)基因家系為共有家系，328個(gè)和544個(gè)基因家系分別唯一存在于三疣梭子蟹和中華絨螯蟹中。在這7種節(jié)肢動物中，蝦蟹相對進(jìn)化速率最小，其中對蝦進(jìn)化速度最慢，其次是絨螯蟹和梭子蟹。“相對于昆蟲，蝦蟹類進(jìn)化較慢，可能是它們生活的環(huán)境相對于昆蟲更加穩(wěn)定。”唐伯平說。 蝦蟹系統(tǒng)演化關(guān)系和相對進(jìn)化速率圖     唐伯平供圖另一個(gè)有趣的發(fā)現(xiàn)是，蝦蟹與昆蟲的分化以及螃蟹和對蝦的分化幾乎是同時(shí)發(fā)生在4.3億年左右的志留紀(jì)。同屬于短尾類的中華絨螯蟹和三疣梭子蟹的分化時(shí)間則相對較晚，大約是在1.8億年前的侏羅紀(jì)。我國同時(shí)獲得1種海洋和1種淡水重要經(jīng)濟(jì)蟹類高質(zhì)量的基因組圖譜，將為蟹類和甲殼動物的研究提供重要的理論基礎(chǔ)和數(shù)據(jù)支撐，同時(shí)也為經(jīng)濟(jì)蟹類育種、養(yǎng)殖和疾病防控工作提供重要的基礎(chǔ)平臺。相關(guān)論文信息：https://doi.org/10.1093/gigascience/giz161https://doi.org/10.3389/fgene.2019.01340

研發(fā)階段/n該發(fā)明涉及人工構(gòu)建的偽狂犬病毒（pseudorabiesvirus，PrV）和豬細(xì)小病毒（porcineparvovirus，PPV）的主要結(jié)構(gòu)基因VP2。在缺失了主要毒力基因（TK）和病毒增殖非必需基因（gG）的偽狂犬病毒基因組中，定位插入豬細(xì)小病毒的VP2基因，使其位于偽狂犬病毒的強(qiáng)晚期啟動子下游，插入的外源基因編碼的蛋白具有良好的免疫原性，可以刺激豬產(chǎn)生抵抗豬細(xì)小病毒和豬偽狂犬病毒兩種強(qiáng)毒攻擊的保護(hù)性免疫反應(yīng)。該發(fā)明還包括重組的偽狂犬病毒Pseudorabiesvirus，Hzau

研發(fā)階段/n可用于豬胴體性狀的遺傳改良，在豬的遺傳改良中胴體性狀的測定需要進(jìn)行屠宰測定，只有背膘厚度性狀可在達(dá)到目標(biāo)體重時(shí)進(jìn)行活體測定，利用這3項(xiàng)專利，可以進(jìn)行胴體性狀的改良（不需要進(jìn)行屠宰測定），降低背膘厚度，降低板油率和內(nèi)脂率，提高瘦肉率和腿臀肉骨率。