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成果描述：項(xiàng)目針對豬雞病原菌耐藥性導(dǎo)致細(xì)菌病難防控、用藥量大、產(chǎn)品藥殘的關(guān)鍵技術(shù)難題，取得了重大理論和方法創(chuàng)新成果。 項(xiàng)目揭示了我國近12年豬雞病原細(xì)菌耐藥性變化規(guī)律，建立菌種庫和耐藥數(shù)據(jù)庫，創(chuàng)立了5種細(xì)菌耐藥基因分子檢測新方法；改進(jìn)了7種動(dòng)物專用抗生素及其制劑的生產(chǎn)工藝和質(zhì)量；創(chuàng)制了非生素免疫增強(qiáng)劑4種。獲國家2類新獸證書6個(gè)，3類2個(gè)。獲國家發(fā)明專利12項(xiàng)，實(shí)用新型專利1項(xiàng)。主編參編專著6部，發(fā)表論文123篇，包括本專業(yè)權(quán)威SCI論文AAC(IF:4.672)，JAC(IF:4.659)等35篇。成果應(yīng)用使豬雞抗生素用量減少30%-70%，細(xì)菌病降低50%，節(jié)省用藥成本30%，為有效控制豬雞細(xì)菌感染及耐藥，減少抗生素使用，保障公共衛(wèi)生和食品安全提供了新的理論和技術(shù)。市場前景分析：應(yīng)用領(lǐng)域：本項(xiàng)目的應(yīng)用領(lǐng)域主要為獸藥、疫苗生產(chǎn)企業(yè)以及大中型豬雞養(yǎng)殖生產(chǎn)企業(yè)。可共同企業(yè)合作開發(fā)新型獸藥、生物制品等，同時(shí)也可為大中型豬雞養(yǎng)殖生產(chǎn)企業(yè)提供技術(shù)支撐，有效降低抗生素的使用，保障產(chǎn)品安全，打造高品質(zhì)放心品牌。市場需求：豬雞細(xì)菌性疾病嚴(yán)重危害公共衛(wèi)生和食品安全，如豬鏈球菌、豬雞沙門氏菌引起人感染發(fā)病的公共衛(wèi)生事件。在規(guī)模化養(yǎng)殖條件下，細(xì)菌性疾病呈多發(fā)趨勢如大腸桿菌等，畜禽因細(xì)菌性疾病致死或生產(chǎn)性能下降等造成全國年直接經(jīng)濟(jì)損失400億元（畜牧業(yè)年鑒2010）。病原細(xì)菌產(chǎn)生耐藥性是致細(xì)菌疾病難控治、用藥量大（每年畜禽抗生素原料藥用量多達(dá)10萬噸）、產(chǎn)品藥殘高的關(guān)鍵技術(shù)難題，如近年來出現(xiàn)耐多種抗生素的結(jié)核桿菌、金黃葡萄球菌、大腸桿菌等“超級耐藥菌”，引起了極大關(guān)注。本項(xiàng)目通過產(chǎn)學(xué)研結(jié)合12年聯(lián)合攻關(guān)，創(chuàng)立了細(xì)菌耐藥基因的分子檢測新方法，揭示了細(xì)菌耐藥性變化規(guī)律，創(chuàng)新了耐藥性控制理論和應(yīng)用技術(shù)，并在安全高效新獸藥研發(fā)中得到廣泛應(yīng)用（圖1），可為保障我國豬雞養(yǎng)殖健康、公共衛(wèi)生和產(chǎn)品安全提供了有力的科技支撐，其市場需求極大。與同類成果相比的優(yōu)勢分析：“該項(xiàng)目已在國內(nèi)多個(gè)省市規(guī)模化豬場，雞場、示范區(qū)、飼料廠、獸藥廠等進(jìn)行了推廣應(yīng)用，成果應(yīng)用效益顯著。研究成果豐富了病原菌耐藥基因的基礎(chǔ)理論研究，為病原菌的耐藥性分子檢測和監(jiān)測提供了新的技術(shù)手段，項(xiàng)目選題技術(shù)路線合理，研究手段先進(jìn)，數(shù)據(jù)可靠，結(jié)果可信，具有先進(jìn)性、創(chuàng)新性和實(shí)用性的特點(diǎn)。其成果總體水平居國內(nèi)領(lǐng)先、國際先進(jìn)，部分成果處于國際領(lǐng)先水平”。

南京郵電大學(xué)理學(xué)院曾紅麗副教授與合作者在新型冠狀病毒SARS-CoV-2基因序列分析方面取得重要進(jìn)展，預(yù)測了該病毒在自然選擇過程中的適應(yīng)性，指出并分析了該病毒在演化過程中存在的弱點(diǎn)，分析了相應(yīng)綜合醫(yī)藥開發(fā)應(yīng)注意的關(guān)鍵基因位點(diǎn)。該成果以南京郵電大學(xué)為第一完成單位，于2020年11月17日在線發(fā)表于國際權(quán)威期刊美國國家科學(xué)院院刊（PNAS）上。 COVID-19疫情是由β-冠狀病毒SARS-CoV-2引起的全球性公共衛(wèi)生突發(fā)事件。各類數(shù)據(jù)庫搜集了大量的且不斷增加的高質(zhì)量全基因組序列。本工作利用這些序列，研究其是否顯示出病毒演化過程中上位性對適應(yīng)性的影響。在具有高重組率的種群演化中，本工作創(chuàng)新性地發(fā)展和應(yīng)用了統(tǒng)計(jì)物理學(xué)中的反Potts模型，來檢測自然選擇過程中的上位性影響。該工作為利用大量基因組序列來獲取具有高重組率的病原體在演化過程中的弱點(diǎn)開辟了廣闊前景。 該研究工作最終將新型冠狀病毒的大約3萬個(gè)基因位點(diǎn)濃縮為存在顯著相互影響的8對基因位點(diǎn)（ORF3a和nsp2，nsp12和nsp6，ORF8和nsp4，以及基因nsp2，nsp13和nsp14），為尋找病毒病原體結(jié)合和重組過程中存在的弱點(diǎn)帶來了希望，對開發(fā)臨床治療的綜合靶向藥物、研究病毒進(jìn)入宿主后的發(fā)病機(jī)制有著很強(qiáng)的生物醫(yī)學(xué)指導(dǎo)意義。 和其他許多疾病一樣，針對COVID-19的潛在藥物靶標(biāo)的組合數(shù)量非常多。本研究工作不僅提供了哪些基因位點(diǎn)之間存在相互影響，并可以對其進(jìn)行排名，從而進(jìn)行更進(jìn)一步詳細(xì)研究。結(jié)合隨機(jī)性檢驗(yàn)，該研究工作最終預(yù)測了存在顯著上位性的8對基因位點(diǎn)中，有3對涉及到與新冠肺炎的重癥密切相關(guān)的病毒基因ORF3a。遺憾的是，目前關(guān)于針對ORF3a基因的臨床靶向藥物的報(bào)道還較為罕見，值得醫(yī)藥學(xué)研究人員在該方面加強(qiáng)研究。另外，本研究工作中預(yù)測的8對基因位點(diǎn)可作為實(shí)驗(yàn)生物學(xué)的原假設(shè)，以供生物學(xué)研究人員在此基礎(chǔ)上設(shè)置相關(guān)微生物實(shí)驗(yàn)，研究新冠病毒進(jìn)入人體后引起發(fā)病的機(jī)理。 此項(xiàng)研究工作由南京郵電大學(xué)與意大利的里雅斯特大學(xué)、古巴哈瓦那大學(xué)、瑞典哥德堡大學(xué)及瑞典皇家理工大學(xué)合作完成。曾紅麗副教授的研究工作受到國家自然科學(xué)基金委（基金號11705097）、江蘇省科學(xué)技術(shù)廳（基金號BK20170895）以及江蘇省政府留學(xué)獎(jiǎng)學(xué)金的大力支持。