本發明公開了一種與玉米雄性核不育相關的基因MS33及其在雜交育種中的應用。本發明提供了一種與玉米雄性核不育相關的MS33蛋白,是如下(a)或(b): (a)由序列表中序列1所示的氨基酸序列組成的蛋白質; (b)將序列1的氨基酸序列經過一個或幾個氨基酸殘基的取代和/或缺失和/或添加,且與植物雄性育性相關的由序列1衍生的蛋白質。MS33基因突變導致玉米完全雄性不育,性狀徹底,不受環境影響。該基因具有在玉米雜交種子生產上的應用潛力。