本發明提供一種識別微絲菌用熒光探針的制備方法,該方法先采用鹵代長碳鏈化合物對咔唑吡啶苯乙烯類菁染料的4-甲基吡啶部分進行修飾,而后再與3-甲酰基-N-乙基咔唑反應合成具有長疏水鏈的熒光探針。本發明效果為,該探針制備過程中將咔唑吡啶苯乙烯類菁染料的制備和修飾同步化,制備方法簡單,制得的熒光探針背景干擾小,熒光強度高,熒光性質穩定。利用微絲菌具有疏水表面這一特性,本申請中所制備的具有長疏水鏈的熒光探針可與其結合,從而達到熒光識別微絲菌的目的。