本發明公開了一種快速檢測水稻種子純度和真偽的鑒定方法,該方法包括下列步驟:首先是供試材料DNA的提取;其次是利用專利中的SCAR標記對提取的DNA進行PCR擴增檢測;第三是是擴增DNA片段的比較分析。該套標記的發明用于水稻種子純度和真偽鑒定,不僅具有環境的穩定性、品種間變異的可識別性、最小的品種內變異及實驗結果的可靠性等基本特點,在應用上還具有快速、簡便、低成本的優點,適合于構建植物品種的特異性指紋圖譜、大樣品的種子純度快速分析、假冒偽劣品種的檢測鑒定、分子標記輔助育種、基因克隆等方面的應用。