1. 痛點問題
RNA干擾已成為一種廣泛應用的轉錄后實驗方法,越來越多地顯示出其作為未來靶向藥物的潛力。然而,高效sirna的預測仍然受到數(shù)據(jù)集偏差、預測方法的不足和脫靶效應的存在的阻礙。這些設計的復雜性限制了其應用范圍。
2. 解決方案
我們提出了一種準確且魯棒的siRNA設計預測方法OligoFormer。OligoFormer包括熱力學計算,RNA-FM模塊和Oligo編碼器三個不同的模塊。Oligo編碼器是基于transformer編碼器的核心模塊。以siRNA和mRNA序列為輸入,通過OligoFormer這三個模塊分別獲得熱力學參數(shù)、RNA-FM embedding和Oligo embedding。我們還提供了一個使用PITA評分和TargetScan評分來預測siRNA的抑制效果和脫靶效應的流程。
圖1 OligoFormer概述
目前,siRNA技術在基因沉默和藥物開發(fā)領域具有廣泛應用,但siRNA設計的復雜性限制了其應用范圍。OligoFormer作為一款siRNA設計軟件,致力于解決這一難題,通過智能算法和數(shù)據(jù)分析,快速準確地設計出高效的siRNA序列,受到了科研機構和制藥公司的關注。同時,我們計劃與visirna公司合作,驗證軟件設計的siRNA在體內(nèi)和體外的效果,進一步證實其應用價值。此外,我們將不斷完善用戶體驗,提供更加友好的界面和個性化的設計方案。隨著OligoFormer的不斷完善和推廣,通過軟件的銷售和服務收費,以及與實驗室的合作項目,我們預計可以實現(xiàn)穩(wěn)定的經(jīng)濟收益。同時,隨著siRNA技術在生命科學和醫(yī)藥領域的不斷發(fā)展,OligoFormer的市場需求也將持續(xù)增長,帶來更廣闊的商業(yè)前景。
在siRNA數(shù)據(jù)集上,我們將OligoFormer與5種siRNA設計的方法進行了比較。OligoFormer優(yōu)于所有其他方法,AUC平均提高9%, F1 score平均提高了10.7%。
siRNA作為基因沉默和基因調控的重要工具,在醫(yī)藥和生物科技領域有廣泛應用前景。隨著基因治療和精準醫(yī)療的發(fā)展,siRNA技術的需求不斷增長,市場規(guī)模巨大且持續(xù)擴大。然而,siRNA設計的挑戰(zhàn)依然存在,這正是OligoFormer的價值所在。該軟件能夠高效、準確地設計出具有優(yōu)異特性的siRNA序列,大大提高了研究人員和生物技術公司的工作效率和成功率。盡管siRNA設計軟件市場已有幾家競爭對手,但大多數(shù)產(chǎn)品存在設計效率低、準確性差等問題。OligoFormer以其獨特的算法和功能優(yōu)勢大大提高了準確性。siRNA設計軟件行業(yè)尚處于快速發(fā)展階段,有望隨著技術的成熟而進一步壯大。隨著生物技術領域的持續(xù)繁榮,OligoFormer有望成為該領域的重要工具,為用戶帶來巨大的價值。
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