本發明公開了一種降解黃曲霉毒素的發酵劑、其制備方法和應用,屬于毒素降解技術領域。本發明降解黃曲霉毒素的發酵劑,是由復合微生物菌劑和增效劑按照4∶1的重量體積比組成;所述復合微生物菌劑是由嗜熱鏈球菌、雙歧桿菌、產朊假絲酵母和地衣芽孢桿菌按照1~5∶1~5∶3~8∶3~8重量比混合而成。本發明的發酵劑能夠有效降解農作物或農產品中黃曲霉毒素B1,降解產物安全,對動物體不會產生毒害作用。